Rodrigo Sá Nogueira no seu «Dicionário de Erros e Problemas de Linguagem» explica esta questão, na entrada «Dentro de. Dentro em», da seguinte forma:

«Estas duas construções estão consagradas pelo uso. É indiferente empregar uma ou outra. Tanto faz dizer 'dentro de mim' como 'dentro em mim', 'dentro de pouco tempo' como 'dentro em pouco tempo'. – Contudo, a primeira construção é mais regular, tanto que em muitos casos o uso não tolera a segunda construção. Assim, não se diz: 'dentro em a ou na casa', 'dentro em um ou num século', 'dentro em a ou na aula', mas diz-se: 'dentro de ou da casa', 'dentro de um ou dum século', 'dentro da aula'.»