É controversa a origem de Isna.

Há quem considere que o nome se relaciona com a palavra árabe hisn, «fortaleza». Há outros autores que consideram que o nome remonta ao latim asinus ou, melhor, à forma correspondente do género feminino, asina, isto é, «burro», «burra». Na região em que o rio corre, tendo em conta que durante grande parte, até finais do século XII, se encontrou aí frequentemente a fronteira noroeste do território árabo-islâmico, torna-se mais plausível a hipótese arábica.