Sim, «ambas derivam do latim», mas não têm mais nada em comum.

A palavra mil vem do «lat[im] mille, "mil, milhar, milhares"; (...) ; f[orma] hist[órica] 1328 mill, 1365 myl, sXV mjl».

O vocábulo mal deriva do «adv[érbio] lat[ino] măle, "mal", depois subst[anti]v[ado]; Corominas (DELCast, s.v. malo) registra para o esp[anhol] "mal adv. [orígenes del idioma: Cid, etc. de uso general y común a todos los romances], del lat. male íd.; mal m. [íd., Cid, etc.; "crimen", Berceo, Mil., 902a], substantivación común a todos los romances"; E. B. Williams (Do Latim ao Português, 124. 3.B, p.129) observa: "o substantivo mal proveio do advérbio male. Houve um plural maes em português arcaico (ver RL, XVI, 104 e 107; Abraham, Glossário) e galego arcaico (Crest, Glossário). Mas males era mais comum e foi a forma que sobreviveu."; note-se que relacionar o subst[ântivo] port[uguês] mal com o lat[im] mălum,i "desgraça, crime, enfermidade", neutro subst[anti]v[ado] do adj. mălus,a,um "mau, nocivo, ruim, maligno", implicaria admitir, na evolução fonética, homon[ímia] com mau adj[etivo], e tornaria impossível explicar as f[ormas] hist[óricas] de pl[ural] males, maaes, maees, malles etc.; cf. paralelismo com bem; c[om]p[are (com)] mau; (...) ; f[orma] hist[órica] 1255 mao, 1272 mal, sXIII males, sXIV maaes, sXIV maees, sXIV malles, sXIV maos, sXV mall adv[érbio], sXV mall subst[antivo]».

[Fonte: Dicionário Eletrônico Houaiss]