Utiliza-se «o Maputo» ou «Maputo» consoante se refere o rio ou a cidade.

Quando se designa o rio, utiliza-se o artigo, pois os nomes dos rios são precedidos de artigo: «o rio Maputo», «o Maputo». Quando se designa a cidade, a regra geral é a da omissão do artigo. Efectivamente, na denominação das localidades (cidades, vilas, aldeias, povoações), a regra é a da ausência do artigo, como acontece, por exemplo, com os nomes das cidades moçambicanas Nampula, Quelimane, Inhambane, Nacala: «nasci em Nampula», «vivi em Quelimane», «visitei Inhambane», etc.

Os nomes de localidades em que se usa o artigo normalmente tiveram origem num substantivo comum, como é o caso da cidade moçambicana da Beira (beira como substantivo comum significa «margem, orla, borda»): «a Beira é uma linda cidade», «vale a pena passar uns dias na Beira».

Sei que há oscilação no emprego do artigo a respeito do nome da cidade de Maputo, pois o tema em o faz com que naturalmente se diga «o Maputo», mas não vejo razões para não se seguir a regra da omissão do artigo, como acontece, por exemplo, com os nomes das cidades de Aveiro ou de Faro. Assim, no caso de Maputo, deverá omitir-se o artigo: «Maputo é a capital de Moçambique», «ele trabalha em Maputo».

Cf.  Glossário de moçambicanismos, recolhido pelo tradutor e professor português Vítor Santos Lindgaard.